В реестре Windows по адресу
\HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\
найдите и удалите запись удаления нужной вам программы - она пропадёт из списка установленных программ.
Но от ручного удаления директории с программой это - не спасёт. Изменяйте права на директорию с программой, убирайте оттуда Изменение и Запись, для обычных пользователей и для администраторов.