Благодаря обсуждению в комментариях и еще некоторым изысканиям я пришел к следующему. Во-первых, вопрос оптимизации нужно разделить на 2 пункта и каждый из них обсудить отдельно.
1. Загрузка скриптов на устройство пользователя. Здесь однозначный вариант одобренный всеми - объединить все скрипты в один файл, минифицировать его, сжать и положить в кэш пользователю при первом визите.
2. Выполнение скриптов на устройстве пользователя. Здесь сложнее. Во-первых, оно происходит на каждое открытие страницы независимо от того взят скрипт из кэша или нет. Если вы не проводили никакой оптимизации, а просто объединили все свои скрипты в один файл, то сразу же после загрузки (взятия из кэша) браузер пользователя начнет их анализ и выполнение. Это занимает время, а на это время браузер пользователя "замирает". В зависимости от мощности устройства (десктоп или телефон) и размера вашего объединенного яваскрипта это выполнение можно занимать от долей секунды до нескольких секунд. Но даже замирание в 0.2-0.3 секунды вполне заметно для пользователя.
Полезные ссылки по этой теме:
calendar.perfplanet.com/2011/lazy-evaluation-of-co...
habrahabr.ru/post/145269
Остается вопрос, как совместить первое и второе, т.е. отдать пользователю весь js в одном большом файле, но заставить браузер выполнять только нужный на данной странице код, а ненужный не выполнять. Решение этому есть! Называется отложенное (ленивое) выполнение яваскрипта, по английски, delay (lazy) javascript evaluation. Т.е. если вы весь код объединяете в один файл и у вас этого кода много, позаботьтесь о том, чтобы выполнялся только тот код, который нужен на текущей странице.
В интернете достаточно решений по этому поводу, но т.к. мы используем require.js, я смотрел, как это решено в данной библиотеке. Начиная со 2 версии require.js умеет откладывать выполнение яваскрипта и делает это автоматически для всех модулей объявленных через define. Важно знать, что для скриптов написанных не в формате AMD и подключенных через shim (например плагинов jquery) отложенное выполнение не работает и они выполняются сразу же при загрузке. К сожалению, у нас таких плагинов довольно много и придется что-то делать, например, оборачивать их в модули requirejs. Но, кажется, это не очень большая проблема.
В итоге короткий ответ на вопрос такой: пакуем все скрипты в один файл, но обязательно заботимся об отложенном выполнении скриптов, чтобы не нагружать браузер лишней работой, а пользователя задержками на выполнение ненужного яваскрипта.