Wasya UK

Решение было таким:
Диалоги у пользователя хранятся в таком виде

"dialogues" : {
        "58f9e5ff408da70504fede05" : [   // <----    человек по-переписке
            {
                "id" : ObjectId("590880f1c612893834123438") // <----   id сообщения, здесь могут быть дополнительные 
            },                                              // параметры. Например, скрыл ли его пользователь.
            ...
        ],
        "58f9fcb6794ac63bf44bd61c" : [ 
            {
                "id" : ObjectId("5908a3470d59a45a64715bb2")
            }, 
            ...
        ]
}

В схеме пользователя это пустой объект
dialogues: { }

Для сообщений существует отдельная коллекция.

После сохранения в коллекцию сообщений, отправителю и получателю в диалог к новой, или уже существующей переписке записывается id этого сообщения

User.findByIdAndUpdate(
    userId, 
    {$push: {['dialogues.' + message.recipient]: {id: message._id}} }, 
    { safe: true, upsert: true }, 
    function(err, user) {       
        if (err) console.log(err);
    }
);

Вроде работает...

Проблема решена!

var id = req.params.id;
    
    if (mongoose.Types.ObjectId.isValid(id)) {
        console.log('yes');
    } else {
        console.log('no');
    }