Каждому пассажиру выдавать RFID-метку и считать количество её срабатываний.
Экзотичнее, распознавать количество лиц, которые проходят сквозь двери. Смотря какая статистическая погрешность и какие требования. Если можно иметь большую погрешность, то можно взвешивать автобус на специальных весах, и оценивать количество живого мяса в салоне, а из него высчитывать кол-во пассажиров.