1) сформируйте большой запрос, чтобы вставка осуществлялась одним запросом
2) Используйте правильный тип базы данных, подробнее тут: www.mysql.ru/docs/man/Table_types.html
Нашел на хабре такой ответ: max_heap_table_size - максимальный допустимый размер таблицы, хранящейся в памяти (типа MEMORY). Значение по умолчанию 16 МБ, если вы не используете MEMORY таблиц, то установите это значение равным tmp_table_size.
Для себя поставил 10 000мб