Ну можно писать что-то типа
@ManyToMany(fetch = FetchType.LAZY, cascade = CascadeType.ALL)
@JoinTable(name = "words_table", catalog = "anotherscheme", .....
но вообще как-то даже странно что на уровне бд надо создавать другую схему для связываюшей таблицы. Мне кажется, проблема в чём-то другом.
