Необходимо добавить перед persist код:
$metadata = $em->getClassMetadata($user);
$metadata->setIdGeneratorType($metadata::GENERATOR_TYPE_NONE);
$metadata->setIdGenerator(new AssignedGenerator());
После сохранения по необходимости генератор восстановить
$metadata->setIdGeneratorType(ClassMetadata::GENERATOR_TYPE_IDENTITY);
$metadata->setIdGenerator(new IdentityGenerator(null));