Чтобы в java и vscode корректно принималась кириллица из терминала, нужно указывать charset для ридеров - "cp866"
Scanner scanner = new Scanner(System.in, "cp866");
BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in, "cp866"));
применительно к win10 с русской локализацией. Настройка "Бета-версия: использовать Юникод (UTF-8)" и настройка терминала chcp 65001 не должны быть включены.
Вероятно тоже самое относится к другим версиям windows. Не проверял.