Очень занятная история конечно, много вопросов для уточнения требует. Загрузившись с LiveCD проверьте - точно ли файлы исчезли? Возможно дело в правах NTFS и безопасности просто, из-за переключения между разными ОС?
Написано
Войдите на сайт
Чтобы задать вопрос и получить на него квалифицированный ответ.