"Один ли я такой" - нет, все такие, сложные конфиги и строки кода пишутся не одним человеком и не за один день. Плюс есть когнитивная ошибка, что эти строки написаны умными людьми - такое может быть не всегда и большие размеры могут быть неоправданны
webpack- берет структуру проекта и представляет ее в виде дерева файлов, идет по файлам и делит их на разные группы по их расширениям (js в одну группу, css в другую) - и дальше к каждой группе применяет свой набор изменений. Все эти плагины нужны для абстрактного удобства - пользователя(сжатые файлы, стили доступные для всех браузеров, код доступный для старых браузеров и т.д.) или разработчика (логи, метрики, анализаторы и пр.)
npm - ну да, он такой, с большим кол-вом дубликатов. Справедливости ради, такими являются все открытые пакетные менеджеры в зависимости от активности сообществ языков, тот же pip у питона или rust crates могут напоминать npm. Сильные дубликаты со временем уходят, т.к. появляется общий кодстайл сообщества, где все со временем стремятся использовать только одну библиотеку
Я бы советовал идти от простого к сложному - если какой-то шаг можно пропустить, то пропускай. например, webpack идет пре-конфигурированный для многих фреймворков, его можно не касаться, некоторые фреймворки имеют удобный CLI, который дает возможность сразу предустановить самые нужные библиотеки и больше ничего не трогать там
Ну или можно иначе - начать с голого html-js-css и потом постепенно прикручивать к ним сверху инструменты, параллельно понимая, для чего они все нужны