initialize не для этих целей предназначен. Для начала почитайте как устроена JavaFX, удивитесь но уведите новое слово MVC.
Когда придет понимание,устройства то поймете что как минимум нужно разделить хотябы на 2 части каждую форму, конкретно на model и ( комбинированный view и controller). В этом случае у вас Модель будет хранить данные, их состояние и оперировать ими. Комбинированный View\Controller будет содержать саму форму(View) и контроллер(Controller) прослойка соединяющая model с view. и привязывающая события(кнопку нажали или данные изменились) в обе стороны.
Конкретно приведенный вами код это чепуха и работать она не будет. У вас уже Существует текущая сцена и предполагаю SceneSecondary , а вы создаете еще один SceneSecondary который никак не связан с первым т.к. это абсолютно разные сцены.
Ну и перед тем как писать с возмущениями что это единственное решение (опять откуда то лично вами надуманное) можете сами себе ответить что делать, читайте азы и вопросы сами собой отпадут и времени потратите гораздо меньше чем гугление непонятного и написание непонятного и глупого вопроса.
