Kee_real

Много вопросов, по-порядку:
- Пути у меня типа index.php?id=about типа таких. Как вообще это скажется на сэо?
всего скорее никак, но для обычного человека прятнее будет если ты разберешься с htaccess и сделаешь вместо
/index.php?id=about
/about
делается это 1 строчкой примерно так

RewriteEngine On
RewriteRule ^.+$ index.php?id=$0 [L,QSA]

- Будет ли робот понимать их как отдельные страницы?
Будет, елси меняется url, то и для робота это разные страницы
За настройку индексации отвечает robots.txt, поэтому можешь там указать нужные страницы

- вот все мои кусочки с которых я собираю сайт типа header.html, они будут индексироваться как отдельные страницы?
если робот найдет, то да, если нет, то нет
чтобы он не нашел, можешь их добавить в robots.txt или в папку которая закрыта от индексации, например подключать их в index.php по типу
include 'inc/header.php';
где inc - это папка
затем в неё же надо добавить .htaccess с таким содержимым
Require all denied
тогда php сможет подключить файл, но по url он не будет доступен и роботы его не найдут

Попробуйте поправить ковычки, json всегда с двойными. У вас редактор их даже выделил ;)

У вас ошибка во второй функции. При каждом скроле страницы на кнопки $arrow подвешивается событие click. Тоесть условно говоря за "одну прокрутку" у Вам может подвешаться 100 событий. Это в свою очередь значит, что после того, как вы нажмете по кнопке "вверх" у Вас с интервалов в 800мс начнем запускаться анимация 100 раз. Соответсвенно каждые 800мс у Вас страница скороллиться наверх, поэтому Вы и не можете проскролить ее вниз.

Решение проблемы, данный кусочек кода вынести за пределы функции:

$arrow.on('click', function(e){
      e.preventDefault();

      $('html, body').animate({
        scrollTop: 0
      },800);
    });

PS: Не забудте переменную $arrow определить