Технически, если писать с нуля, то без разницы на каком языке вы будете писать магазин. Но так мало кто делает, особенно в нишевых сегментах.
Если вы разбираетесь лучше в PHP, то берите PHP и наоборот.
Исходя из своего опыта я бы рассматривал PHP, так количество готовых модулей, шаблонов выше, чем в nodejs, да и найти специалиста будет проще (я за свою карьеру вывел больше 30 интернет-магазинов).
