Можно 2 файла css и выбирать какой надо на стороне php (это если с перезагрузкой страницы).

Можно 1 файл, но дописывать body какой нибудь класс, например, "green-theme" И с помощью наследования задавать стили. В этом случае класс лучше этот записать в cookie и выбирать нужный как на стороне php так и переключать на лету с помощью js.