Думаю тут косяк:
$templateProcessor->setValue('table', table());
Нужно через setComplexBlock
$templateProcessor->setComplexBlock('table', $table);
А вообще короче так:
$templateProcessor = new PhpOffice\PhpWord\TemplateProcessor($templateFile);
$table = new \PhpOffice\PhpWord\Element\Table(array('borderSize' => 6, 'borderColor' => 'black', 'unit' => 'pct', 'width' => 100 * 50));
$table->addRow();
$table->addCell(1000)->addText('Колонка 1');
$table->addCell(2000)->addText('Колонка 2');
$table->addCell(1000)->addText('Колонка 3');
$templateProcessor->setComplexBlock('TABLE', $table);