Василий Алибабаевич

Если в /lib/systemd/system/nginx.service
добавить это:

ExecStartPost=/bin/sh -c 'umask 022; pgrep nginx > /var/run/nginx.pid'

то ошибка исчезает.
НО! Сервер не слушает ни 80: ни 443 порт... Опять же, определил с помощью программы ss -tulnp

Посмотрите, включено ли расширение sqlite3. Оно находится где-то в файле /etc/php-fpm.d/00-sqlite3.conf (что-то типа того) Потом перезапустите фпм.

Делайте так:
location /app.php {
try_files $uri $uri/ /app.php?$args;
}

location ~ \.php$ {
root $root_path;
#limit_conn one 10;
try_files $uri =404;
fastcgi_index index.php;
proxy_read_timeout 120;
proxy_ignore_client_abort on;
fastcgi_pass unix:/var/run/php-fpm.sock;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_cache off;
fastcgi_connect_timeout 60;
fastcgi_cache_valid 200 301 302 304 5m;
fastcgi_cache_key \ "$request_method|$http_if_modified_since|$http_if_none_match|$host|$request_uri";
fastcgi_hide_header "Cache-Control";
fastcgi_hide_header "Expires";
expires 4M;
include fastcgi_params;
}