При регистрации создаёте в mysql поле, в котором храните уникальный ключ подтверждения e-mail адреса, и отправляете на почту ссылку (или просто этот ключ) и перенаправляете пользователя на страницу, где нужно его ввести. При вводе верного ключа (или при переходе по ссылке из письма, проверяете GET параметр и сравниваете с
записью в mysql) - обновляете запись в БД, о том что юзер успешно подтвердил регистрацию.