Dmitry Arkhipov

Предлагаю "лучшие практики" смотреть на реальных проектах.
Не берусь судить, какие из них лучшие, но определенные знания изучение чужого кода дадут.
Например,
https://github.com/ytdl-org/youtube-dl
https://github.com/docker/compose
... и т.д.

Еще предлагаю из книг найти Дэн Бейдер "Чистый Python".

Как я понимаю, нужно смотреть в сторону режима изоляции транзакций для выбранной БД.
В случае MySQL+SQLAlchemy можно попробовать так:

create_engine(DB_URL, isolation_level='READ COMMITTED')