в 1 контейнере, или что будет в контейнере с приложением, пхп файлы просто лежать? или там апп сервер какойто?
например так
# Базовый образ с nginx и php
FROM richarvey/nginx-php-fpm
# Добавляем наше веб приложение
ADD app /var/www/app
# Удаляем конфиги сайтов которые там есть
RUN rm -Rf /etc/nginx/sites-enabled/*
# Добавляем наш конфиг
ADD docker/conf/nginx/site.conf /etc/nginx/sites-available/site.conf
# Включаем его
RUN ln -s /etc/nginx/sites-available/site.conf /etc/nginx/sites-enabled/site.conf