Битность программ не совпадает с виндой. 32-битный Notepad++ не видит папку etc, 64-битный - видит.
Ваша фраза: "новые (относительно) ищет", видимо, говорит о том же.
В 64-битной версии Windows папка C:\Windows\System32 содержит 64-битные файлы и библиотеки. Однако, если вы запускаете 32-битное приложение, такое как 32-битная версия Notepad++, Windows перенаправляет запросы к этой папке в C:\Windows\SysWOW64, где находятся 32-битные версии библиотек.
Это означает, что 32-битное приложение не сможет увидеть или получить доступ к файлам в C:\Windows\System32, включая папку etc, если оно пытается открыть ее через стандартный интерфейс.