Есть ли варианты получения ВНЖ для фрилансера-программиста в ЕС?

Да, семья может. Вы получаете ВНЖ как представитель, жена по воссоединению семьи с вами, несовершеннолетние дети автоматом. Либо жену тоже можно вписать представителем, для ускорения процесса. В любом случае, все расходы надо умножать на количество членов семьи, как и ту сумму, которую надо показать на счете, для подтверждения, что у вас есть на что жить.
Пустое ООО пока еще можно создать, деятельность фирмы в РФ никто не проверяет. Это дело хотят ужесточить в будущем, но пока все по прежнему.