Это нормально для всех.
.crt файлы - подписанный публичный сертификат + публичные ключи центра сертификации.
.key файл - закрытый ключ, который вы никуда не должны были отправлять. Он у вас на сервере должен быть, там же где вы запрос на сертификат генерировали.
И соответственно в конфиге nginx надо указать путь к этому файлу в директиве ssl_certificate_key.
