Переписал метод мерджа на

$mergedWorkbook=new Spreadsheet();
                foreach ($files as $file) {
                    $spreadsheet = IOFactory::load($file);
                    $worksheets = $spreadsheet->getAllSheets();
                    foreach ($worksheets as $worksheet) {
                        if ($mergedWorkbook->sheetNameExists($worksheet->getTitle())) {
                            $worksheet->setTitle($worksheet->getTitle() . rand(1,40));
                        }
                        $mergedWorkbook->addExternalSheet($worksheet);
                    }
                }
                $mergedWorkbook->removeSheetByIndex(0);
                $writer = IOFactory::createWriter($mergedWorkbook, 'Xlsx');
                $folderName=self::createFolder();
                $writer->save(
                    "{$_SERVER['DOCUMENT_ROOT']}/upload/tmp/{$folderName}/mergedFilesDoc.xlsx"
                );

Но ошибка с некорректным форматированием ячеек все равно осталась, пришлось изменить метод garbageCollect класса Spreadsheet библиотеки phpOffice.

// other_code before 1399 line
 foreach ($this->getWorksheetIterator() as $sheet) {
            // for all cells
            foreach ($sheet->getCoordinates(false) as $coordinate) {
                $cell = $sheet->getCell($coordinate);
                $cell->setXfIndex($map[$cell->getXfIndex()]?$map[$cell->getXfIndex()]:0); // code modification
            }

            // for all row dimensions
            foreach ($sheet->getRowDimensions() as $rowDimension) {
                if ($rowDimension->getXfIndex() !== null) {
                    $rowDimension->setXfIndex($map[$rowDimension->getXfIndex()]?$map[$rowDimension->getXfIndex()]:0); // code modification
                }
            }

            // for all column dimensions
            foreach ($sheet->getColumnDimensions() as $columnDimension) {
                $columnDimension->setXfIndex($map[$columnDimension->getXfIndex()]?$map[$columnDimension->getXfIndex()]:0); // code modification
            }

            // also do garbage collection for all the sheets
            $sheet->garbageCollect();
        }
// other_code after 1420 line

Понимаю, что это неправильно, но так файл начал создаваться (как для xls, так и для xlsx) и все стили подтянулись. Ну и не пишет, что файл поврежден.