Счета выставляете на сумму которую намерены получить (предоплата), акт на всю сумму сделки.
Я иногда разбивают и на 5 платежей, соответственно 5 счетов 1 акт.
ООО мне кажется проще работать с тем же ИП, т. К. Выше сказали, что с самозанятыми пока не все понятно, и практики как таковой нет.
