SalmElena, проверь скорость работы ЖД с Crystal Disk Mark, и его состояние с Crystal Disk Info. Скорее всего, диск всё-таки нормальный... Но кто ж их знает -_-
Выдает какую-то ошибку, или просто не выдает список пакетов?
Появляются ли в консоли какие-то ошибки? (Ctrl+`)
Возможно, кто-то пошалил (провайдер, роскомнадзор, CDN типа CloudFlare, админы репозиториев плагинов) и серверы Package Control легли/заблокированы