VK API. Можно ли получить id сообщения из беседы через группу?

Можно. Подключаем LongPoll и API. Далее парсим эвенты лонгпола, через объект "message" получаем ID сообщения (это conversation_message_id).
Выглядит примерно так(на питоне 3.6+):

for event in longpoll.listen():
	if event.type == VkBotEventType.MESSAGE_NEW:
		if event.from_chat: 
			message_id = event.object.message['conversation_message_id']
			message_text = event.object.message['text'].lower() 
			print(f"New message! MessageID: {message_id} | MessageTEXT: {message_text}")

Вывод: