Единственная польза от 'много мелких' - это одновременная загрузка, которая при использовании старого http tcp протокола дает прирост в скорости на
глючных каналах связи (например радиоканал), а точнее эффективнее утилизирует канал, но это относительно геморойный механизм для разработчика. Вам придется предварительно сохранять файлы в хранилище браузера а по окончании все равно копировать файлы на диск с запросом от пользователя, и не факт что удастся обойтись одним апросом на все файлы, скорее всего по запросу на каждый.
так что не майтесь дурью, zip поддерживается везде, чуть ли не по умолчанию, передавайте одним файлом.