якорь выглядит следующим образом(ссылка/#якорь)Насколько я понимаю ссылка ведёт на другую страницу. Как вы это хотите анимировать?
$('a[href ^= "#"]').click(function () {
var elementClick = $(this).attr("href");
var destination = $(elementClick).offset().top;
$('html,body').animate( { scrollTop: destination }, 1000 );
return false;
});