Способа в штатке нет, да и в БП нет какого то активити, с помощью которого сможете импортировать список этих id в какую нибудь multi переменную. Самый простой вариант - написать микро приложение фронтовое, которое через JS будет использовать REST метод удаления сделки по id. Написать такое (для того, чтоб не мучаться с SSL и белым IP можно написать на express, бэк. На фронте форму для загрузки файла, в котором будет приниматься файл с списком id. Далее бек на фронт отдает этот массив. JS бежит по массиву значений и дергает js либу Битрикса и удаляет сделки. На облаке по другому никак (на первый взгляд, если не придумывать какую-то костыльную дичь)