В таблицу юзеров в БД добавляете поле reflink и поле referer.
Для каждого юзера генерируете уникальную реф ссылку пишите в поле reflink.
При переходе любого пользователя по этой ссылке пишите ее в куки.
При регистрации пользователя проверяете куку и если она есть выбираете по reflink id пригласившего и пишите его в поле referer зарегистрировавшегося пользователя.
