Добавьте в начало скрипта вот такую строку:
function eval(d){ WScript.Echo(d); }
Далее запускайте его через cmd:
cscript //nologo script.js > code.txt
В файле code.txt будут все команды, которые скрипт пытался выполнить через eval (при этом все эти команды выполняться не будут).
