Потому что Array это Object, не примитив, передается по ссылке. В сравнении по обе стороны создаются два разных объекта.

Всем спасибо, проблема оказалась во-первых в отсутствии дополнительных «--» в boundary, во-вторых в том, что line break в приложении конвертился из \r\n в \n