1. с чего начать, к сожалению со всего сразу, для этого просто nginx +fpm не достаточно
нужен и и bind и sftp и mysql и тд.
Так что лучшим мануалом для вас считаю поставить ispconfig3 и разобратья с каждым пунктом установки.
при том не бездумно ставить а пытаться понять что сейчас делаете.
2. Прикрутить multiphp
3. разобратья как работают php-fpm и чем он отличается от mod_apache
3. прикрутите nginx и настройте конфиги проксирования так чтоб связка апач+ngix работала.
Fail2ban qunta и тд так же по дороге, желательно разместить пару реальных сайтов.
теперь что вам реально нужно знать
Линукс это консоль, кроме нее вам ничего не нужно, даже не тратьте время на GUI интерфейсы
если вы выучите это то линукс для вас станет понятен
1. man
2. команда --help
ls cd rm mc tail cat- минимум
стндартный ввод вывод и какие они бывают, как их перенаправлять.
find grep sed - чем глубже тем лучше, особенно в их связке, после этих команд у вас не останется невозможных
задач.
дополнительно
awk wc
Все остальное наработаете с опытом.