слеш добавь перед спец символами
$nD = "index";
$nS = "example";
$html = "
<?php
\$y = rand(1, 9) ;
?>
<html>
<head>
<title>Master</title>
<script>
setTimeout( 'location= \"http://site.ru/maps/$nD.php?id=<? echo \$y;?>\";', 100 );
</script>
</head>
<body>
</body>
</html>";
$var = "$html";
$f = fopen("maps/$nS.php","w+");
fwrite($f,$var);
fclose($f);
результат:
<?php
$y = rand(1, 9) ;
?>
<html>
<head>
<title>Master</title>
<script>
setTimeout( 'location= "http://site.ru/maps/index.php?id=<? echo $y;?>";', 100 );
</script>
</head>
<body>
</body>
</html>