Дмитрий

да без проблем
по частям можно обработать файл любого размера
а дабы не вписаться в лимиты как по времени так и по нагрузке
нужно обрабатывать достаточно маленькими частями и с достаточными интервалами
простейший вариант
по окончании обработки кусочка выводить в браузер js который сразу или через интервал запустит продолжение обработки
типа так

echo "<script>
setTimeout(\"window.location.href='another.php?s=$strt';\", 1000)
</script>";

возможные расширения заранее известны?
(\.)(png|jpg|итд)$

str_replace

гуглите числа с плавающей точкой)) банально точности числа не хватает чтобы заметить разницу с нулем
а js скорее всего считает длинной арифметикой в таких случаях
ps библиотеки длинной арифметики есть и под php

у iconv есть опции
в том числе и пропускать битые символы