Правилом номер один при компромитации системы является ее полная переустановка.
Нет ни одного надежного способа диагностировать изменения в системе проведенные злоумышлеником, в случае если у него был рут и был достаточно квалифицирован.
Я имею ввиду при помощи самой это системы.