--fake не добавляет никаких таблиц кроме django_migrations.
Она только записывает в таблицу django_migrations список миграций, которые ты пытаешься накатить в БД, но схему это не затрагивает.
Если на чистую базу выдаётся ошибка, что таблицы не существует, то, вероятно, миграции неконсистентные.
Используй PostgreSQL, с мускулом ты ещё натерпишься проблем.