Евгений Мазуров

С божьей помощью, я нашел ответ на этот вопрос:
Во первых, директива root и вправду была не нужна, достаточно было proxy_pass.
Во вторых, второе приложение обращается на адрес example.com/home/, добавил в index.html абсолютный путь не <script src="/js/app.bundle.js"></script>, а <script src="/home/js/app.bundle.js"></script>, и так ко всем путям в index второго приложения