Решил при помощи переменной "$wp_customize"
if ( ! function_exists( 'deregister_js' ) ) :
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'deregister_js' );
function deregister_js() {
global $wp_customize;
if ( isset( $wp_customize ) ) {
wp_deregister_script( 'jquery' );
}
}
endif;