Почему массив всегда пуст?

await как раз вытаскивает содержимое промиса, его стоит использовать вместо then внутри асинхронных функций

Почему массив всегда пуст?

В вашем случае от then лучше вообще отказаться.

const users = await query('users');

 const meetings = await query('meetings');

    const response = meetings.collection.find({members: { $in: [res.locals['user'].id]}}).toArray();
    const result = response.map(meeting => {

      const members = meeting['members'].map((member_id: string) => {
        return users.collection.findOne({id: member_id});
      });

      return {
        ...meeting,
        members
      }
    });

    console.log(result);

    res.send({
      message: result
    });

  });