Я могу ошибаться, но мне кажется, что вам можно обойтись без бд. Храните все в какой-нибудь удобной для вас структуре данных, вроде HashMap, и сериализуйте ее время от времени на диск. Скажем в отдельном треде каждые 0,1 сек. Но все конечно зависит от объема и совойстив документнов, которые вы собираетесь хранить.