Так как, реализовывать парсинг средствами 1с не возможно, приходится пользоваться сторонними средствами, а от сюда и возникает воспрос о переносе этих данных в саму базу. Как это можно сделать безболезненно?
А почему Вы считаете, что невозможно? Не всегда рационально, это да, но не невозможно. Вы можете инициировать запуск скрипта обработчика через регламентные задания, и по результатам его работы уже заполнять саму базу данных так, как вам это нужно. Таким образом вы с наименьшей вероятностью уроните базу данных в один не самый прекрасный момент. Да и фирма 1С настоятельно не рекомендует лезть напрямую в структуру базы. Как уже сказали выше, у 1С свои понятия о структуре, и без четкого понимания, что и куда нужно изменять, сделаете себе кучу проблем.