Ваше решение не работает на примере "аб аа".
Надо чтобы разные или одинаковые буквы были на тех же местах в обоих словах. Вы же проверяете только, то нет такого, что в первом слове буквы равны, а во втором - нет. Надо еще проверять и наоборот.
Но в ваше решение еще не рассматривает крайний случай - использованы все 33 буквы алфавита и есть надо что-то менять. Тут ответ 0, потому что замены делать никак не получится - после любой замены 2 разные типа букв станут одинаковыми и перемешаются. Разделить их после этого уже не получится.
Если вы эти косяки исправите, ваше решение может не пройти по времени, потому что оно у вас за квадрат. Лучшее решение - пройтись по строкам одновременно одним циклом и запоминать в массиве, индексированном символами, (или мапе), какая буква алфавита во втором слове соответствует букве алфавита в первом слове. Если встречаете противоречие (в массиве уже что-то записано не такое как вы видите сейчас), то ответ 0.
И еще. Не надо разбивать строки через .split(''). В JavaScript можно узнать длину строк и обратиться к i-ому символу не преобразуя в массив.
