Раз формируете EditText динамически, то надо ему программно задать поведение при клике (например так)
editText.setOnTouchListener(new View.OnTouchListener() {
@Override
public boolean onTouch(View v, MotionEvent event) {
v.requestFocus();
return false;
}
});
при перевороте же ифейс перерисовывается и событие подтягивается само