Была аналогичная проблема
Для себя я нашел решение такое:
У меня на HTML страничке была кнопка "выбрать файл", после чего при нажатии на эту кнопку вызывался метод в python, который через tkinter открывал окно "openfiledialog", где получал полный путь к файлу и обрабатывал его там же через python.
https://www.pythontutorial.net/tkinter/tkinter-ope... 
