1) Выполнить lspci, найти в выводе нужное устройство, посмотреть его PCI-адрес в первой колонке.
Например (я экспериментирую с контроллером FireWire):
$ lspci
...
0d:00.3 FireWire (IEEE 1394): Ricoh Co Ltd R5C832 PCIe IEEE 1394 Controller (rev 04)
...
2) Отключить устройство на уровне шины PCI:
$ echo 1 | sudo tee /sys/bus/pci/devices/0000\:0d\:00.3/remove
1
Разумеется, это действует только до перезагрузки.
