В arguments прописывайте все что вам надо $FileName$ --out $FileParentDir$/css/$FileNameWithoutExtension$.css
Если не работает - проверьте есть ли пробелы в пути к stylus
Нижняя строчка нужна для обновления директорий куда файлы попадают, чтобы их сразу увидеть, а не закрывать, открывать.
