Это можно легко сделать с помощью npm-пакета rimraf.
Устанавливаем rimraf глобально в системе:
npm install rimraf -g
Затем переходим в папку с node_modules и удаляем её такой командой:
rimraf node_modules
Вероятнее всего у Вас нет ssh ключа.
У меня получилось склонировать только лишь после того как создал пару ключей и добавил их в свою учётную запись на гитхабе. Может учёт у них какой то стоит.
