Не знаю полного решения поставленной задачи, но решил это малой кровью, разделив скрипты по бандлам (папкам). Соответственно, добился уменьшения до 3-4 в зависимости от раздела. Зато один общий всегда кешируется, да и остальные — довольно быстро тоже. Делал как-то так:
{% javascripts '@SomeBundle/Resources/js/*' output='js/bundle.combined.js' %}
<script src="{{ asset_url }}"></script>
{% endjavascripts %}
Буду рад, если кто-то предложит лучшее решение.
