Лучше папку именовать не как id, а как какая-нибудь простая хеш-функция от этого id. Причем, не класть всё на один уровень, а распределить их на 2-3. Ниже пример для статьи с id=123
md5(123) = 202cb962ac59075b964b07152d234b70
берем первый символ хеша - 2, создаем папку "2" в /uploads/images
берем второй символ хеша - 0, создаем папку "0" в /uploads/images/2
создаем папку "202cb962ac59075b964b07152d234b70" в /uploads/images/2/0/
кладём в /uploads/images/2/0/202cb962ac59075b964b07152d234b70 нужные файлы
Плюсом такого рещения будет то, что из-за хеш-функции папок будет фиксированное количество и файлы по ним будут относительно равномерно размазаны. Если файлов будет очень много, можно добавить ещё один уровень. Путь этот вычислить программно будет не сложно, если метод его вычисления будет находиться в одном месте.